Index

A

ablang() (in module amulety.bcr_embeddings) amulety module amulety.amulety module amulety.bcr_embeddings module

amulety.protein_embeddings module amulety.tcr_embeddings module amulety.utils module antiberta2() (in module amulety.bcr_embeddings) antiberty() (in module amulety.bcr_embeddings)

B

balm_paired() (in module amulety.bcr_embeddings)

batch_loader() (in module amulety.utils)

C

check_dependencies() (in module amulety.utils) check_deps() (in module amulety.amulety) check_igblast_available() (in module amulety.amulety) check_tcr_dependencies() (in module amulety.tcr_embeddings)

common_options() (in module amulety.amulety) concatenate_heavylight() (in module amulety.utils) ConditionalFormatter (class in amulety.utils) custommodel() (in module amulety.protein_embeddings)

E

embed() (in module amulety.amulety) embed_airr() (in module amulety) (in module amulety.amulety)

esm2() (in module amulety.protein_embeddings)

F

format() (ConditionalFormatter method)

G

get_cdr3_sequence_column() (in module amulety.utils)

I

immune2vec() (in module amulety.protein_embeddings)

insert_space_every_other_except_cls() (in module amulety.utils)

M

main() (in module amulety.amulety) module amulety amulety.amulety amulety.bcr_embeddings amulety.protein_embeddings amulety.tcr_embeddings amulety.utils

P

process_airr() (in module amulety.utils)

process_h_plus_l() (in module amulety.utils) prott5() (in module amulety.protein_embeddings)

S

setup_logging() (in module amulety.amulety)

T

tcr_bert() (in module amulety.tcr_embeddings) tcrt5() (in module amulety.tcr_embeddings)

translate_airr() (in module amulety) (in module amulety.amulety) translate_igblast() (in module amulety.amulety)